Collaboratore Tecnico | Oncologia Sperimentale
Attività:
Attualmente sono impegnato nello sviluppo di software bioinformatico e nell’analisi dati finalizzata al supporto della ricerca nel settore della biologia molecolare.
In particolare mi occupo di analisi primaria e secondaria di dati RNA-seq e single-cell RNA per lo studio dei profili di espressione di microRNA, RNA e varianti geniche. Utilizzo i principali metodi statistici e algoritmi di analisi in ambiente R, come DESeq2, edgeR, NOISeq, Seurat, conos, Pagoda2.
Sviluppo applicazioni software in ambiente R applicando i principali metodi di “Functional Analysis” e “Gene Set Enrichment Analysis” allo studio dei profili di espressione di dati NGS. Utilizzo librerie R di Bioconductor come clusterProfiler, gProfiler e GOAT per l’identificazione di pathway e network coinvolti (GO, KEGG, Reactome), integrando anche dati di Gene-Disease Associations (GDA) e Variant-Disease Associations (VDA) provenienti da risorse come DisGeNET e COSMIC.
Inoltre, sviluppo software in ambiente R per applicare metodi di machine learning (data mining) e analisi di reti di correlazione (WGCNA) ai dati NGS.
Mi occupo anche dello studio dell’interazione tra RNA-RNA e RNA-microRNA, analizzando le strutture secondarie con algoritmi noti come ViennaRNA, mfold e RNAhybrid, e utilizzando metodi di predizione come miRWalk e TargetScan.
Progetto, inoltre, sequenze siRNA (RNA Interference) per il knockdown di target specifici, grazie all’impiego di software Java da me sviluppato.
Oltre a queste attività, gestisco anche le risorse hardware e software della strumentazione di laboratorio. Provvedo allo sviluppo e la manutenzione dei database dei reagenti e dei prodotti chimici in uso presso il laboratorio, nonché del database relativo alla banca biologica di laboratorio, contenente informazioni sulle linee cellulari congelate in azoto liquido.
Prima di essere assunto presso il CNR ho maturato un’esperienza decennale nello sviluppo di software in ambito industriale ed aerospaziale, occupandomi in particolare di sistemi di controllo real-time, di automazione e robotica.