Collaboratore Tecnico | Oncologia Sperimentale
Attività:
Attualmente svolgo attività di sviluppo software e analisi di dati per il supporto alla ricerca nell’ambito della bioinformatica:
- Analisi primaria e secondaria di dati RNA-seq e single- cell RNA per lo studio dei profili di espressione di mirnomi (miRNA), trascrittomi e varianti geniche. Utilizzo dei principali metodi statistici ed algoritmi di analisi in ambiente R (DESeq2, edgeR, NOISeq, Seurat, conos, Pagoda2).
- Sviluppo di software in ambiente R per l’applicazione dei principali metodi di Functional Analysis e Gene Set Enrichment Analysis per lo studio dei profili di espressione di dati NGS (librerie R Bioconductor: clusterProfiler, gProfiler, GOAT) per l’identificazione dei pathways e dei networks coinvolti (GO, KEGG, Reactome) ed integrazione con dati di Gene-Disease Associations (GDAs) e Variant-Disease Associations (VDAs) (DisGeNET, COSMIC).
- Sviluppo di software in ambiente R per l’applicazione dei principali metodi di data mining (PCA, machine learning) e correlation network analysis (WGCNA) a dati NGS.
- Sviluppo di software per lo studio dell’interazione tra RNA-RNA ed RNA-microRNA, attraverso l’analisi delle strutture secondarie con l’impiego dei più noti algoritmi quali ViennaRNA, mfold e RNAhybrid e utilizzo di metodi di predizione quali miRWalk, TargetScan, etc.
- Sviluppo e gestione di software per la progettazione di sequenze siRNA (RNA Interference) per il knockdown di specifici target.
Svolgo inoltre attività di gestione sistemistico-applicativa delle risorse informatiche del laboratorio: - Gestione delle risorse informatiche e del software della strumentazione di laboratorio
- Sviluppo e manutenzione dei database di reagenti e prodotti chimici, in uso presso il laboratorio, e del database relativo alla banca biologica di laboratorio contenente informazioni sulle linee cellulari congelate in azoto liquido
Prima del mio ingresso nel CNR ho avuto una lunga esperienza decennale di sviluppo SW in ambito industriale e militare occupandomi di sistemi di controllo real time, automazione e robotica.